國家生技園區工程延宕，馬英九當場發飆，表示震驚和失望。他鐵青著一張臉，以嚴厲口氣要求翁啟惠確實督導，把望重士林的中研院長當作部屬，把全國最高學術機構當作一般行政部門；但馬英九踐踏不了中研院，只是踐踏了自己。

馬英九的震怒，表面上，是衝著陳建仁而來。中研院隸屬總統府，中研院副院長負責預算和工程，如今陳建仁擔任小英副手，馬英九藉故發揮，指桑罵槐，符合他雞腸鳥肚的特質，並不令人意外。

但是，政治承諾跳票，工程延宕的例子何其多，馬英九什麼都不講，他自己開的633支票，早已貶為142，但永遠自我感覺良好，看不到自己弱點，陳建仁逮到機會，反唇相譏，一字抵千金，馬英九只能自取其辱。

偏見傷學術尊嚴

生技園區好事多磨，主要是兵工廠的遷移和環評問題，需要跨部會協調，最麻煩的是國防部，他們有國安考慮，而工程進度的督導與掌控，都在行政院的公共工程委員會手中。馬英九說翁沒有向他報告、他完全不知道，卻不追究工程會的責任。 

馬英九到現場才知工程嚴重落後，幕僚事先未做功課，完全在狀況外，具有政策指標意義的重大工程，缺乏管考追蹤。馬英九不知究責，卻遷怒中研院長翁啟惠。顯然對中研院早有偏見，一不小心就發自嘴巴，躍然於臉上。 

中研院的預算和人事均歸屬總統府，但是學術獨立，總統想管卻管不到，他們對馬總統尊而不敬，私下沒人對他有好評，馬英九也不敢招惹他們，這次當眾下令翁啟惠「確實督導」這項工程，把堂堂中研院長當作部屬，破壞學術尊嚴，貽笑國際，中研院內外更是一片譁然。 

戒嚴時期，胡適在中研院演講，當著蔣介石的面，對他婉言規勸，老蔣心中氣到得牙歪，在日記痛罵胡適。但是演講後，老蔣笑容滿面，和胡適並坐聊天，有照片為證。馬英九對中研院長這種態度，老蔣必定自嘆不如。