對於馬辭去黨主席可能引發的重大爭議，國民黨方面至今仍堅持不必修正黨章。

去年19全 馬主導修黨章自保

去年十一月的國民黨十九全代會，馬為規避今年九合一選舉若敗選的究責，力推修正黨章，在黨章第十七條增訂，「本黨黨員為總統時，自其就任總統之日起即兼任本黨主席，卸任總統時亦同免兼任之，不適用本條相關選舉產生及任期之規定…」，換言之，只要現任總統為國民黨員，就有遵守兼任黨主席身分的黨員義務，直到卸任總統為止。

吳敦義曾說 馬辭就要修黨章

在十一月三十日傳出馬擬辭去黨主席後，身兼黨副主席的副總統吳敦義當天表示，國民黨章規定，總統兼任黨主席，一旦請辭，由誰接任，「就要召開全代會修改黨章」，因此不辭比辭還要辛苦。

另一位黨副主席、台中市長胡志強也提到，國民黨章規定總統兼任黨主席，理論上不排除修黨章，不過修黨章需要時間，「辭（黨主席）很簡單，但辭完怎麼辦？和二○一六說再見嗎？」

熟悉黨章的黨內人士說，在未修改黨章規定的情況下，若馬英九既未卸除總統職務，也未喪失黨籍之前，在兩者身分同時兼具的情況下，逕自辭去黨主席職務，明顯有違黨章規定，且明年一月產生新任黨主席後，黨內同時存在「總統級黨員」的情況下，應宣誓效忠黨章規定的新主席，恐也將名不正、言不順；兩人甚至可能出現權力衝突。

雖然爭議存在，國民黨方面仍堅持不必修正黨章規定。黨內人士說，修改黨章須召開臨時全代會，緩不濟急，且可能造成黨內動盪，相關黨務部門解釋黨章認為，只要總統因故無法繼續擔任黨主席，可以有例外的做法。

國民黨堅持不修黨章 留伏筆

馬辭去主席後，國民黨預定明年一月底前產生新主席，並補足馬的剩餘任期直到二○一七年十一月，但若二○一六年五月新總統是由國民黨員當選，依黨章規定，新主席屆時就要把黨魁讓給新總統。

巧合的是，國民黨上一次因為黨主席請辭，必須產生代理主席的情況，同樣也是馬英九。二○○七年二月馬因特別費案遭檢方起訴，馬即依承諾辭去黨主席職務，並由時任首席副主席的吳伯雄代理黨主席，後來黨主席補選由吳伯雄當選。